การจัดหมวดหมู่ในฐานข้อมูลพันธุ์ไม้ได้จำแนกเป็นสองลักษณะคือ การจำแนกตามหลักอนุกรมวิธาน โดยจัดกลุ่มตามวงศ์ (Family) ในแต่ละวงศ์จะแบ่งย่อยเป็น สกุล (Genus) ในแต่ละสกุลจะแบ่งย่อยเป็น ชนิด (species) ตามลำดับ และแบบที่สองคือ การจำแนกตามลักษณะการใช้ประโยชน์ โดยจัดแบ่งเป็น 6 กลุ่ม ได้แก่ ไม้คลุมดิน, ไม้ล้มลุก, ไม้พุ่ม, ไม้ยืนต้น, ไม้เลื้อย และไม้ประดับอื่นๆ ตามลักษณะการใช้ประโยชน์ของพันธุ์ไม้ชนิดนั้นๆ ซึ่งในการค้นหาพันธุ์ไม้นี้ สามารถใช้การค้นหาได้จาก ชื่อสกุล ชื่อชนิด ประเภทของพันธุ์ไม้ สีของดอก วิธีการขยายพันธุ์ การปลูกเลี้ยง และการใช้ประโยชน์